Kuliah IPT

Ilmu Penyakit Tumbuhan

Semester Ganjil 2013/2014

Ujian Akhir Semester Ganjil 2013/2014
Berhubung jadwal UAS fakultas diumumkan sangat mendadak maka UAS matakuliah Ilmu Penyakit Tumbuhan dijadwalkan ulang menjadi pada Rabu, 15 Januari 2014. Ujian dilaksanakan secara online dengan mengunduh file format DOC atau format DOCX serta file data dalam format XSL atau format XSLX. File jawaban dikumpulkan dalam format PDF sebagai lampiran (attachment) ke alamat email yang diberikan pada soal ujian (alamat aktif, sudah diujicoba). Soal ujian terlambat diuanggah karena gangguan koneksi Internat akibat dari pemadaman listrik oleh PLN.Pengumpulan jawaban ujian dilakukan pada Kamis, 16 Januari 2014 dengan perpanjangan waktu sampai pukul 24.00 WITA. Harap informasi ini disebarluaskan kepada seluruh mahasiswa peserta kuliah Ilmu Penyakit Tumbuhan.

Silahkan periksa mailbox, untuk memastikan bahwa email jawaban ujian Anda sudah masuk. Semua mahasiswa sudah mengirimkan file jawaban sebagai lampiran dan dengan format file PDF. Tetapi belum semua mahasiswa bisa melakukan Save As file untuk memberi nama file sesuai dengan yang telah ditentukan. Silahkan periksa daftar nama file jawaban yang telah diunduh dari mailbox. Bila nama Anda belum terdapat dalam mailbox maupun dalam daftar nama file jawaban, silahkan kirimkan file jawaban sesuai dengan ketentuan sampai selambat-lambatnya Kamis, 16 Januari 2014 pukul 24.00, tetapi nilai maksimum yang akan diberikan adalah hanya 79. Pengiriman file jawaban tanpa melampaui batas waktu dan penamaan file dengan nama yang tepat dinilai sebagai aspek penilaian softskill.

Definisi Penyakit Tumbuhan
Berikut adalah uraian mengenai penyakit tumbuhan dari bahan ajar:

Dari sudut pandang biologi, tumbuhan dikatakan sakit jika tumbuhan tersebut diganggu oleh pathogen [sic patogen] atau oleh keadaan lingkungan tertentu sehingga satu atau lebih dari fungsi fisiologisnya menjadi menyimpang dari keadaan normal. Jadi penyakit tumbuhan adalah proses di mana bagian-bagian tertentu dari tanaman tidak dapat menjalankan fungsinya dengan sebaik-baiknya akibat serangan organisma [sic organisme] yang digolongkan sebagai pathogen [sic patogen], maupun akibat gangguan oleh faktor lingkungan yang bukan organisme atau yang disebut fisiopat. ... Dari sudut pandang ekonomi, tumbuhan dikatakan sakit jika tidak mampu memberikan hasil yang cukup kualitas dan kuantitasnya. Walaupun suatu tumbuhan mengalami gangguan dan dari segi biologi dikatakan sakit, namun jika tidak menyebabkan penurunan hasil maka tumbuhan tersebut tidak dikatakan sakit.

Lalu, penyakit tumbuhan itu sebenarnya apa? Penyakit merupakan gangguan yang disebabkan oleh organisme pengganggu tumbuhan golongan patogen atau oleh faktor lingkungan abiotik yang menyebabkan tanaman atau bagian-bagiannya tidak dapat melaksanakan proses fisiologis secara normal sehingga terjadi penurunan produksi yang merugikan, baik secara kuantitatif maupun kualitatif. Karena penyakit merupakan gangguan maka penyakit tidak bisa menyerang. Lagipula, penyakit dapat disebabkan oleh organisme maupun oleh faktor lingkungan. Dalam hal ini, yang menyerang adalah penyebab penyakit yang merupakan organisme pengganggu tumbuhan golongan patogen. Penyebab penyakit yang merupakan faktor lingkungan tidak dapat menyerang karena bukan merupakan organisme. Oleh karena itu, setelah menyelesaikan kuliah Ilmu Penyakit Tumbuhan, hanya orang bodoh yang tetap menggunakan istilah 'diserang penyakit'. Daripada menyebut 'tanaman diserang penyakit', lebih tepat menyebut 'tanaman sakit'. Daripada menyebut tanaman diserang penyakit layu fusarium', lebih tepat menyebut 'tanaman berpenyakit layu fusarium'.

Mengapa ilmu penyakit tumbuhan dan bukan ilmu penyakit tanaman? Untuk menjawab pertanyaan ini, pertama-tama perlu diketahui bahwa tumbuhan mencakup seluruh organisme multiseluler dalam kerajaan Plantae. Dalam arti luas, tumbuhan mencakup tumbuhan berbunga, cemara dan tumbuhan berbiji terbuka lainnya, pakis, clubmosses, hornworts, liverworts, dan mosses, dan bahkan juga algae hijau. Pada pihak lain, tanaman merupakan tumbuhan yang dibudidayakan (ditanam). Tumbuhan yang menderita suatu penyakit dapat merupakan tumbuhan liar maupun tumbuhan yang dibudidayakan. Oleh karena itu, ilmu yang mempelajarinya disebut ilmu penyakit tumbuhan. Namun demikian, bukan berarti bahwa istilah 'penyakit tanaman' tidak tepat. Istilah 'penyakit tanaman' dapat saja digunakan, misalnya, dalam membahasa jenis-jenis penyakit yang terdapat pada berbagai jenis tanaman. 

Gejala dan Tanda Penyakit
Perubahan fisiologis yang terjadi karena gangguan yang disebabkan oleh OPT golongan patogen maupun oleh faktor lingkungan abiotik ditampilkan oleh tanaman sebagai perubhan morfologis. Perubahan morfologis yang terjadi pada tanaman sakit sebagai akibat dari gangguan fisiologis yang ditimbulkan oleh OPT golongan patogen maupun oleh faktor lingkungan disebut gejala penyakit (disease symptoms). Pada bagian tanaman yang bergejala penyakit, kadang-kadang tampak pertumbuhan patogen. Pertumbuhan patogen yang tampak pada bagian tanaman bergejala penyakit disebut tanda patogen (pathogen signs). Gejala dan tanda penyakit bermacam-macam, bergantung pada jenis penyakit dan jenis tanaman inang, misalnya gejala khusus yang disebabkan oleh bakteri dan gejala khusus yang disebabkan oleh virus. Berbagai macam gejala penyakit dapat dikelompokkan menjadi empat kategori:

• Pertumbuhan terhambat dari jaringan atau organ tanaman, misalnya kerdil, ruas memendek, gangguan pertumbuhan akar, perubahan bentuk dan ukuran daun, hambatan pertumbuhan klorofil dan pigmen lain, gugur buah muda, dsb.
• Pertumbuhan berlebihan dari jaringan atau organ tanaman, misalnya puru, sapu, perbungaan berlebihan, dsb.
• Nekrosis atau kematian bagian atau keseluruhan tanaman, misalnya bercak, hawar, kanker, busuk, layu, mati ujung, dsb.
• Gangguan terhadap tampilan normal bagian atau keseluruhan tanaman, misalnya mosaik, kerupuk, dsb.

Pengamatan gejala dan tanda penyakit diperlukan untuk melakukan diagnosis penyakit (disease diagnosis), yaitu proses untuk menentukan jenis penyakit yang diderita tanaman. Anda perlu membaca tulisan yang sangat menarik mengenai diagnosis penyakit tumbuhan dari American Phytopathological Society.

Nama Penyakit dan Nama Patogen
Penyakit diberi nama berdasarkan atas gejala yang ditimbulkan oleh penyakit yang bersangkutan. Misalnya, penyakit yang menimbulkan gejala layu disebut penyakit layu. Bila penyakit dengan gejala yang sama disebabkan oleh lebih dari satu patogen maka untuk membedakannya, ditambahkan nama patogen atau golongan patogen di belakang nama penyakit tersebut. Misalnya, penyakit layu yang disebabkan oleh jamur Fusarium disebut penyakit layu fusarium, sedangkan yang disebabkan oleh bakteri disebut penyakit layu bakteri. Perhatikan bahwa nama penyakit tidak perlu ditulis dengan huruf awal kapital, demikian juga dengan nama ilmiah patogen yang digunakan sebagai bagian dari nama penyakit, seperti misalnya nama jamur Fusarium dalam nama penyakit layu fusarium.

Nama patogen merupakan nama ilmiah spesies patogen yang bersangkutan. Karena merupakan nama ilmiah maka nama patogen tunduk pada ketetntuan tatanama organisme sesuai dengan ketogori patogen yang bersangkutan sebagai berikut:

• Nematoda: International Code of Zoological Nomenclature (ICZN), amandemen termutakhir (2012).
• Jamur: International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants (ICN), sebelumnya Vienna Code (2005) dan yang berlaku kini Melbourne Code (2011)
• Bakteri: International Code of Nomenclature of Bacteria (ICNB), Revisi (1990)
• Virus: International Code of Virus Classification and Nomenclature (ICVCN), Februari 2013

Anda dapat memperoleh daftar nama penyakit dari American Phytopathological Society dan dari Wikipedia.


Materi Kuliah oleh dosen I Wayan Mudita

• Kuliah 08: Faktor Lingkungan terhadap Perkembangan Penyakit Tumbuhan. Silahkan baca: Disease triangle,
• Kuliah 09: Pengukuran Penyakit. Silahkan baca: Mengukur Penyakit Tumbuhan: Intensitas, Kejadian, Keparahan ..., A System for the Measurement of Foliar Diseases of Cucumber, Deriving Decision Rules, 
• Kuliah 10: Analisis Perkembangan Penyakit dalam Waktu dan Ruang. Silahkan baca: Membuat Kurva dan Menghitung LDBK untuk Menganalisis Perkembangan Penyakit Tumbuhan, Plant Disease Epidemiology: Temporal Aspects, An Introduction to the R Programming Environment, Disease Progress over Time, Modelling Dispersal Gradient, Spatial Analysis
• Kuliah 11: Genetika Penyakit. Silahkan baca: Population Genetics of Plant Pathogens, An Introduction to Reverse Genetic Tools for Investigating Gene Function
• Kuliah 12: Pertahanan Tanaman terhadap Penyakit. Silahkan baca: Genetically Modified, Insect Resistant Maize: Implications for Management of Ear and Stalk Diseases
• Kuliah 13: Strategi Perlindungan Tanaman dari Penyakit Tumbuhan. Silahkan baca: Management of Potato Late Blight: Simulation with Lateblight, Management of Apple Scab: Simulation with Applescab, Plant Disease Management Simulation (from Advanced Topic: Plant Disease Epidemiology), Selection of Fungicide Resistance: Simulation with Resistant
• Kuliah 14: Cara Pengendalian Penyakit Tumbuhan Bagian 1: Mekanik, Fisik, Hayati, Genetik, dan Budidaya. Silahkan baca: 
• Biological Control of Plant Pathogens, Biological control of plant pathogens: Research, commercialization, and application in the USA. Burkholderia cepacia: Friend or Foe?, Snow Mold-Plant-Antagonist Interactions: Survival of the Fittest under the Snow, Transgenic Virus Resistant Papaya: New Hope for Controlling Papaya Ringspot Virus in Hawaii, Cultivar Mixtures
• Kuliah 15: Cara Pengendalian Penyakit Tumbuhan Bagian 2: Kimiawi. Silahkan baca: What are Fungicides?, Common and Trade Name of Select Fungicides, QoI (Strobilurin) Fungicides: Benefits and Risks, Small Grain Cereal Seed Treatment, Antibiotic use for plant disease management in the United States,
• Kuliah 16: Penyakit Penting pada Pertanian Lahan Kering dan Dampak yang Ditimbulkan. Silahkan baca:  (1) Tanaman pangan: Diseases of Rice, Diseases of Maize, Black Sigatoka of Banana: The Most Important Disease of a Most Important Fruit, (2) Tanaman perkebunan: Why European Drink Tea, Coffee Rust, Diseases of Cocoa, The World's Worst Cocoa Problems, (3) Tanaman hortikultura, (a) buah-buahan, Citrus Huanglongbing: The Pathogen and Its Impacts, Citrus Huanglongbing: Understanding the Vector-Pathogen Interaction for Disease Management, Citrus Canker: The Pathogen and Its Impact, (b) sayur-sayuran, Diseases of Vegetables, dan (c) bumbu-bumbuan, Diseases of Ginger, (4) Survei Penyakit, dan (5) Dampak Penyakit: The Future World Food Situation and the Role of Plant Diseases, Common Names of Plant Diseases

Tugas dan Tenggat
Untuk semua laporan tugas, silahkan gunakan sampul laporan format DOC atau format DOCX (klik untuk mengunduh). Isi seluruh data yang diperlukan dan jangan melakukan perubahan apapun selain mengetikkan informasi yang diminta. Silahkan unduh file yang diperlukan dari layanan penyimpanan file online Mediafire setelah tersedia tautan (link) aktif (jangan menyalin (copy) file, melainkan klik tautan Download untuk mengunduh file):

• Tugas 1: Mengukur Kejadian dan Keparahan Penyakit Tumbuhan. Silahkan unduh: data 1 dan data 2 untuk mengerjakan tugas dan prosedur kerja pengerjaan tugas. Tanggal tenggat pengumpulan laporan: 20 November 2013. Pengumpulan tugas diperpanjang sampai 23 November 2013. Tugas yang dikumpulkan setelah tanggal tersebut tidak akan diperiksa. Batas waktu pengumpulan Tugas 2 dan Tugas 3 TIDAK AKAN DIPERPANJANG.
• Tugas 2: Membuat Kurva Perkembangan Penyakit Tumbuhan dan Menghitung Luas Daerah di Bawah Kurva dengan Menggunakan Excel. Silahkan unduh: data untuk mengerjakan tugas dan prosedur kerja pengerjaan tugas. Tanggal tenggat pengumpulan laporan: 27 November 2013. 
• Tugas 3: Membuat Kurva Perkembangan Penyakit Tumbuhan dan Menghitung Luas Daerah di Bawah Kurva dengan Menggunakan R: Silahkan unduh program aplikasi statistika R untuk sistem operasi Linux, Mac OS X, atau Windows, panduan instalasi R, panduan penggunaan R (HTML, PDF), panduan belajar R di Quick-R (sangat bagus!), contoh penggunaan R (membuat grafik batang, membuat kurva), data untuk mengerjakan laporan, prosedur kerja pengerjaan laporan, script R untuk membuat kurva, script R untuk menghitung LDBK, lembar pengamatan untuk mencatat data. Tanggal tenggat pengumpulan laporan: 11 Desember 2013. 

Karena ternyata ada mahasiswa yang tidak tahu bagaimana cara mengakses tulisan yang harus dikomentari sebagaimana disebutkan dalam file prosedur kerja maka saya beritahukan untuk melakukan satu dari dua cara berikut ini:

• Buka file PDF dalam keadaan komputer terkoneksiterhubung ke Internat, klik tautan, Anda akan ditanya unuk meneruskan atau tidak, jawab Ya, tulisan akan terbuka di layar.
• Salin URL yang diberikan pada file prosedur kerja (misalnya http://muditaept.blogspot.com/2013/11/mengukur-penyakit-intensitas-kejadian.html), tempel pada kotak URL mesin peramban, tekan Enter, tulisan akan terbuka di layar.

Laporan tugas terdiri atas bagian-bagian Pendahuluan, Tujuan, Prosedur Kerja, Hasil dan Pembahasan, Kesimpulan, dan Daftar Pustaka. Laporan diketik dengan menggunakan huruf Times New Romans ukuran 12 dengan jarak antar baris (spasi) 1,5. Pengutipan pustaka dan penyusunan daftar pustaka dilakukan dengan menggunakan gaya APA Edisi 6. Silahkan pelajari cara mengutip dan membuat daftar pustaka dengan menggunakan gaya APA Edisi 6 sebelum mulai mengerjakan tugas (buka HTML 1, HTML 2 atau HTML 3 (ringkas dengan contoh) atau unduh PDF 1 (pemula). Laporan dikumpulkan dengan menandatangani daftar pengumpulan laporan di meja dosen pengampu.

Bila mengalami kesulitan dalam mengerjakan tugas, silahkan sampaikan pertanyaan dengan cara mengklik Hubungi Kami.

Daftar Istilah Ilmu Penyakit Tumbuhan
Silahkan klik huruf yang merupakan huruf awal dari istilah yang dicari uraiannya. Beberapa istilah disertai dengan file audio cara pengucapan dan beberapa lainnya disertai dengan file gambar atau foto.
A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X, Y, Z  
Daftar istilah disediakan oleh American Phytopathological Society

Software
Berikut adalah beberapa software gratis yang bermanfaat untuk mengukur dan/atau menganalisis penyakit:

• R, program aplikasi statistika dan grafik akses terbuka. Silahkan pelajari cara menggunakan R di Quick-R (sangat bagus!). R merupakan program yang dijalankan dengan menuliskan script (kode program) yang mungkin menyulitkan bagi Anda yang sudah terbiasa menggunakan software dengan antarmuka grafis (GUI=Graphical User Interface) semacam Windows dan program aplikasi berbasis Windows pada umumnya. Bila Anda ingin menjalankan R dengan antarmuka grafis, silahkan unduh R Commander (Rcmdr) dan dalam keadaan terhubung ke Internet, pasang melalui menu Package>>Install Package>>CRAN Mirror>>Indonesia>>Rcmdr. Setelah R Commander terinstalasi, untuk menjalankan silahkan klik menu Package>>Load Package>>Select one>>Rcmdr. Anda dapat memilih antarmuka grafis lain dari R GUI Project.
• ImageJ, program pengolahan dan analisis citra digital akses terbuka
• Icy, program bioinformatika citra hayati akses terbuka

Penyajian kuliah dengan dukungan online ini dimaksudkan agar Anda bisa benar-benar menjadi mahasiswa universitas berwawasan global (bukan berwawasan gombal). Anda diasumsikan telah memiliki akun email pribadi dan telah terbiasa menggunakan email dan Internet. Bila Anda mengalami kesulitan dalam menggunakan halaman ini sebagai panduan belajar, silahkan hubungi dengan mengklik menu Hubungi Kami.

Berhubung jadwal UAS fakultas diumumkan sangat mendadak maka UAS matakuliah Ilmu Penyakit Tumbuhan dijadwalkan ulang menjadi pada Rabu, 15 Januari 2014. Ujian dilaksanakan secara online dengan mengunduh file format DOC atau format DOCX serta file data dalam format XSL atau format XSLX. File jawaban dikumpulkan dalam format PDF sebagai lampiran (attachment) ke alamat email yang diberikan pada soal ujian (alamat aktif, sudah diujicoba). Soal ujian terlambat diuanggah karena gangguan koneksi Internat akibat dari pemadaman listrik oleh PLN.Pengumpulan jawaban ujian dilakukan pada Kamis, 16 Januari 2014 dengan perpanjangan waktu sampai pukul 24.00 WITA. Harap informasi ini disebarluaskan kepada seluruh mahasiswa peserta kuliah Ilmu Penyakit Tumbuhan.

Silahkan periksa mailbox, untuk memastikan bahwa email jawaban ujian Anda sudah masuk. Semua mahasiswa sudah mengirimkan file jawaban sebagai lampiran dan dengan format file PDF. Tetapi belum semua mahasiswa bisa melakukan Save As file untuk memberi nama file sesuai dengan yang telah ditentukan. Silahkan periksa daftar nama file jawaban yang telah diunduh dari mailbox. Bila nama Anda belum terdapat dalam mailbox maupun dalam daftar nama file jawaban, silahkan kirimkan file jawaban sesuai dengan ketentuan sampai selambat-lambatnya Kamis, 16 Januari 2014 pukul 24.00, tetapi nilai maksimum yang akan diberikan adalah hanya 79. Pengiriman file jawaban tanpa melampaui batas waktu dan penamaan file dengan nama yang tepat dinilai sebagai aspek penilaian softskill. Nilai Akhir Semester akan diumumkan oleh dosen koordinator matakuliah (dosen yang namanya tertulis pertama dalam jadwal kuliah).