Tugas MatakuliahEpidemiologi Penyakit Tumbuhan
Semester Genap Tahun 2013/2014
Berikut adalah daftar tugas yang harus dikerjakan oleh mahasiswa peserta kuliah Epidemiologi Penyakit Tumbuhan Semester Genap Tahun 2013/2014. Tugas tersebut HANYA merupakan tugas yang harus dikumpulkan oleh dosen pengajar pertama. Dosen pengajar selanjutnya diharapkan memberikan tugas masing-masing sesuai dengan pokok bahasan yang diajarkan. Setiap tugas HARUS dikumpulkan sesuai dengan tanggal tenggat (deadline) pengumpulan. Tugas yang dikumpulkan terlambat TIDAK AKAN DINILAI.
Setiap tugas dikerjakan/dikumpulkan dengan ketentuan sebagai berikut:
- Laporan tugas, kecuali dinyatakan line dan prosedur pengerjaan tugas, harus dicetak dengan menggunakan kertas HVS ukuran A4 dan diberi sampul yang diunduh dari SINI dan dicetak dengan menggunakan kertas yang sama (bukan pada kertas manila dan tidak perlu diberi penutup plastik transparansi).
- Laporan tugas terdiri atas bagian-bagian pendahuluan, tujuan, prosedur kerja, hasil dan pembahasan, kesimpulan, dan daftar pustaka. Daftar pustaka harus dibuat dengan mengikuti gaya APA Edisi 4.
- Isi tugas harus diketik dengan jenis huruf Arial ukuran 12 spasi 1,5, tepi atas 3 cm, kanan 2,5 cm, bawah 2,5 cm, dan kiri 3,5 cm.
- Tabel Excel yang disalin dan ditempel ke dalam Word harus diatur sedemikian rupa sehingga dapat tampil rapi. Setiap tabel harus diberi judul di bagian atas tabel dengan didahului kata Tabel X, di mana X adalah nomor urut tabel, dan kemudian setiap tabel harus dirujuk dalam teks tugas.
- Setiap grafik harus diberi judul di bagian bawah grafik dengan didahului kata Gambar X, di mana X adalah nomor urut grafik, dan kemudian setiap grafik harus dirujuk dalam teks tugas.
- Kesimpulan harus merupakan jawaban terhadap tujuan dengan berdasarkan atas hasil yang telah disajikan pada bagian hasil dan pembahasan.
- Tugas dapat dikerjakan secara perseorangan atau secara kelompok sesuai dengan ketentuan yang diberikan pada uraian tugas.
- Tugas yang dibuat dengan mengnyalin dan memnempel pekerjaan orang atau kelompok lain dan tugas yang dikerjakan/dikumpulkan terlambat akan TIDAK DINILAI.
Tugas 1: Menghitung Intensitas dan Membuat Kurva Perkembangan Penyakit
Tujuan:
- Mempelajari cara menghitung intensitas penyakit sebagai kejadian dan keparahan penyakit berdasarkan hasil pendugaan persentase keparahan dan dengan menggunakan skor
- Mempelajari cara membuat kurva perkembangan penyakit dengan menggunakan data kejadian dan keparahan penyakit
- Baca tulisan Intensitas Penyakit: Bagaimana Mengukur Penyakit secara Kuantitatif? untuk mempelajari cara mengukur penyakit
- Unduh file data dan kerjakan Tugas 1a, Tugas 1b, dan Tugas 1c sesuai dengan prosedur pengerjaan tugas yang telah disertakan pada lembar (sheet) data masing-masing. Kerjakan tugas langsung pada file dan lembar masing-masing.
- Lengkapi informasi yang diminta pada lembar 'identitas' dan lembar 'informasi'
- Ubah nama file dan beri nama baru sesuai dengan ketentuan mengenai nama file.
- Unggah file dengan menggeser nama file dari folder termpat menyimpan ke dalam kotak pengungahan file dengan mengikuti petunjuk di bagian atas kotak unggah di bawah ini.
- Buka tulisan Intensitas Penyakit: Bagaimana Mengukur Penyakit secara Kuantitatif? dan berikan komentar dengan menuliskan apa yang dipahami dari tulisan tersebut dan apa yang belum dipahami sehingga perlu ditanyakan, tanpa perlu didahului dengan basa-basi ucapan terima kasih atau menyatakan tulisan bermanfaat.
Pengerjaan tugas: Perorangan
Tanggal Tenggat Pengumpulan: 11 Maret 2014
Perhatian:
Bagi mahasiswa yang belum mempunyai alamat email sendiri, silahkan klik halaman Kuliah Smt Genap 2012/2013 untuk memperoleh cara membuat akun Gmail.
Periksa daftar pengumpulan file tugas 1 di SINI. Silahkan perbaiki nama file sesuai dengan ketentuan dan unggah kembali sampai selambat-lambatnya pada 18 Maret 2014 (kotak unggah file akan dihapus). Jangan mengunggah file dengan ekstensi EXE (kemungkinan virus, dan akan dihapus).
Tugas 2: Menghitung Laju dan Luas Daerah di Bawah Kurva Perkembangan Penyakit
Tujuan:
Mempelajari cara menentukan perkembangan penyakit dengan menghitung laju dan luas daerah di bawah kurva perkembangan penyakit
Uraian Tugas:Mempelajari cara menentukan perkembangan penyakit dengan menghitung laju dan luas daerah di bawah kurva perkembangan penyakit
- Baca tulisan Perubahan Penyakit dalam Waktu dan Ruang: Bagaimana Mengukur Perubahan Penyakit secara Kuantitatif? dengan teliti sebelum mengerjakan tugas
- Unduh file data tugas dan pilih data pada sheet netblotch dan sheet sigatoka
- Untuk data pada sheet netblotch, gunakan kolom C untuk menghitung laju perkembangan menurut Persamaan [3.3], gkolom D untuk menyatakan laju perkembangan menurut Persamaan [3.7], dan kolom E untuk menyatakan luas trapesium yang kemudian dijumlahkan untuk memperoleh LDBK menggunakan Persamaan [3.10].
- Buat kurva perkembangan penyakit dengan rapi menggunakan Excel: Insert>>Chart>>Scatter Chart, pilih pola kanan baris kedua dari atas. Setelah diperoleh kurva, lakukan penyuntingan kurva sebagaimana yang telah dilakukan pada Tugas 1 sehingga diperoleh kurva perkembangan penyakit yang rapi.
- Ulangi langkah 3 dan 4 untuk data pada sheet sigatoka
- Hapus semua sheet lainnya dan simpan file dengan nama: ept_tugas2_2013^2014^2_namadepannamabelakang.
- Unggah file dengan menggeser nama file dari folder termpat menyimpan ke dalam kotak pengungahan file dengan mengikuti petunjuk di bagian atas kotak unggah di bawah ini:
- Buka tulisan Perubahan Penyakit dalam Waktu dan Ruang: Bagaimana Mengukur Perubahan Penyakit secara Kuantitatif? dan berikan komentar mengenai pengetahuan yang diperoleh dari mengerjakan tugas ini dan kesulitan apa yang dihadapi, bila ada kesulitan, tanpa perlu didahului dengan basa-basi ucapan terima kasih atau menyatakan tulisan bermanfaat.
Tanggal Tenggat Pengumpulan: 18 Maret 2014 (kotak unggah akan dihapus pada 19 Maret 2014)
Tip Pengerjaan Tugas 2:
- Rumus yang rumit sebaiknya dipecah menjadi bagian-bagian. Misalnya rumus menghitung luas trapesium LDBK = (Y2+Y1)*(t2-t1)/2 dibagi menjadi rumus menghitng jumlah haris sejajar Y = (Y2+Y1), rumus menghitung tinggi t = (t2-t1), dan rumus menghitung luas trapesium L = Y*t/2 sehingga LDBK = L1+L2+L3+ ... Ln
- Cara yang sama juga perlu dilakukan untuk melakukan perhitungan dengan Persamaan 3.7 dalam bahan ajar, silahkan unduh tip dari SINI.
Tugas 3: Memodelkan Data Perkembangan Penyakit dengan Menggunakan Excel dan Program Aplikasi Statistik R
Tujuan:
- Mempelajari cara melakukan analisis regresi linier sederhana derajat satu untuk memodelkan data hasil transformasi monit, logit, dan gompit perkembangan penyakit .
- Mempelajari cara menggunakan add-ins Analysis ToolPack pada Excel dan dengan program aplikasi statistika R untuk memodelkan perkembangan penyakit dalam waktu.
- Menentukan tipe perkembangan penyakit berdasarkan atas hasil pemodelan perkembangan penyakit.
Uraian Tugas:
- Sebelum mengerjakan tugas, pastikan bahwa Anda telah memasang add-ins Analysis ToolPak dan telah memasang R dan R Studio pada komputer. Jika belum, silahkan unduh sekarang.
- Sebelum melanjutkan, silahkan baca kembali tulisan Pemodelan Perkembangan Penyakit Tumbuhan dalam Waktu: Model Monomolekuler, Logistik, dan Gompertz serta tulisan Analisis Regresi: Teknik Analisis Statistik untuk Melakukan Pemodelan Perkembangan Penyakit.
- Unduh file data tugas yang terdiri atas file netblotch berisi data perkembangan penyakit netblotch pada tanaman barley dan file layusclerotium berisi data perkembangan penyakit layu sclerotium pada tanaman buncis. Hitung proporsi serta lakukan transformasi monit, logit, dan gompit; isikan pada kolom yang sesuai. Simpan kembali kedua file tersebut masing-masing dengan nama yang sama.
- Unduh file kerja tugas dan ganti nama file dengan nama baru ept_tugas3_2013^2014^2_namadepannamabelakang. Salin data dari file netblotch ke lembar (sheet) REGNETBLOTCH dan salin data dari file layusclerotium ke lembar REGSCLEROTIUM.
- Pada lembar REGNETBLOTCH, lakukan analisi regresi antara hasil transformasi monit sebagai peubah tidak bebas dengan Hari sebagai peubah bebas dan letakkan hasilnya pada sel A26. Berikutnya lakukan analisi regresi antara hasil transformasi logit sebagai peubah tidak bebas dengan Hari sebagai peubah bebas dan letakkan hasilnya pada sel R26. Ulangi langkah ini untuk melakukan analisi regresi antara hasil transformasi gompit sebagai peubah tidak bebas dengan Hari sebagai peubah bebas dan simpan hasil analisis pada sel AJ26. Dari ketiga hasil analisis regresi tersebut, pilih transformasi mana yang memberikan hasil paling sesuai dengan menggunakan 4 kriteria pada tulisan Analisis Regresi: Teknik Analisis Statistik untuk Melakukan Pemodelan Perkembangan Penyakit. Lakukan langkah-langkah yang sama untuk data pada lembar REGLAYUSCLEROTIUM.
- Buka file netblotch dan file layusclerotium yang telah dilengkapi pada langkah 3 lalu simpan masing-masing ke dalam format tab delimited dengan nama netblotch_tab dan layusclerotium_tab.
- Buka R atau R Studio dan setelah tanda > pada jendela konsol, impor data netblotch_tab dengan mengetikkan data1 <- read.delim(file.choose(), header=T)(tanda <- dapat diganti dengan tanda =, bergantung pada selera), lalu pilih file dengan nama yang sesuai. Baca data dengan mengetik perintah attach(data1) lalu mengetik perintah data1, lalu lakukan pemeriksaan sebaran data dengan mengetikkan perintah plot(Hari, Monit, main="Hari vs Monit") dan perintah cor(Hari, Monit).
- Lakukan analisis regresi dengan mengetikkan perintah netblotchmonit <- lm(Monit ~ Hari) lalu mengetikkan perintah summary(netblotchmonit). Salin hasil yang diperoleh lalu tempel pada lembar REGNETBLOTCH dalam file kerja tugas pada sel A52. Selanjutnya ketik perintah anova(netblotchmonit) lalu simpan hasilnya pada sel A71 serta perintah confint(netblotchmonit) dan simpan hasilnya pada sel A81. Buat kurva sebaran data dan garis persamaan regresi dengan mengetikkan perintah plot(Hari, Monit) dan kemudian perintah abline(netblotchmonit, col=2, lwd=3) lalu simpan file gambar ke clipboad untuk kemudian ditempel pada sel J52. Terakhir, buat kurva diagnostik dengan mengetikkan perintah par(mfrow=c(2,2)) dan kemudian plot(netblotchmonit) lalu simpan file gambar ke clipboad untuk kemudian ditempel pada sel J71. Ulangi langkah 7 dan 8 untuk melakukan analisis regresi antara Logit dengan Hari dan antara Gompit dengan Hari. Gunakan nama data netblotlogit dan netblotgompit dan simpan hasil analisis pada sel yang sesuai.
- Bersihkan jendela konsol dengan mengklik Edit>>Clear Console dan mulai sesi baru dengan mengklik Session>>Restart R lalu lakukan langkah 7 dan 8 untuk data layusclerotium_tab pada lembar REGLAYUSCLEROTIUM.
- Buka lembar PEMBAHASAN lalu tuliskan (1) apakah hasil yang diperoleh dengan menggunakan Excel sama atau berbeda dengan hasil yang diperoleh dari menggunakan R, (2) transformasi mana yang paling sesuai untuk memodelkan perkembangan penyakit netblotch dan memodelkan penyakit layu sclerotium serta apa tipe perkembangan penyakit tersebut? (3) pelajaran apa yang diperoleh dalam memodelkan laju perkembangan penyakit dalam waktu dengan menggunakan Excel dan R, (4) kesulitan apa yang dialami dalam memodelkan laju perkembangan penyakit dalam waktu dengan menggunakan Excel dan R, dan (5) bagaimana cara mengatasi kesulitan yang dialami dalam memodelkan laju perkembangan penyakit dalam waktu dengan menggunakan Excel dan R?
- Pastikan lembar IDENTITAS telah diisi dengan lengkap dan kemudian unggah file dari folder termpat menyimpan ke dalam kotak pengungahan file dengan mengikuti petunjuk di bagian atas kotak unggah di bawah ini.
- Baca kembali tulisan Pemodelan Perkembangan Penyakit Tumbuhan dalam Waktu: Model Monomolekuler, Logistik, dan Gompertz serta tulisan Analisis Regresi: Teknik Analisis Statistik untuk Melakukan Pemodelan Perkembangan Penyakit. Tuliskan komentar mengenai apa yang telah dipahami dan belum dipahami dari tiap tulisan dan perlu ditanyakan.
Pengerjaan tugas: Perorangan
Bila Anda menghadapi kesulitan dalam mengerjakan tugas, silahkan menghubungi kami dengan mengklik menu Hubungi Kami.
